Trước đây, xã Phú Hưng thuộc huyện Châu Thành.

Ngày 15 tháng 3 năm 1984, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 46-HĐBT[3]. Theo đó, sáp nhập xã Phú Hưng vào thị xã Bến Tre.

Ngày 9 tháng 2 năm 2009, Chính phủ ban hành Nghị định số 08/NĐ-CP[2]. Theo đó:

• Điều chỉnh 64,6 ha diện tích tự nhiên và 1.825 người của xã Phú Hưng về phường Phú Tân mới thành lập.
• Điều chỉnh 81,69 ha diện tích tự nhiên và 1.289 người của xã Phú Hưng về phường Phú Khương quản lý.

Sau khi điều chỉnh, xã Phú Hưng còn lại 1.012,33 ha diện tích tự nhiên và 10.870 người.